ACTE I
Tamino, menacé par un énorme serpent, perd connaissance. Trois Dames apparaissent, tuent le serpent et partent à la hâte pour informer leur maîtresse, la Reine de la Nuit, de la présence du bel étranger. Tamino revient à lui et rencontre Papageno, l’oiseleur de la Reine de la Nuit. Alors que Papageno n’accepte que trop volontiers les remerciements de Tamino pour avoir tué le serpent, les trois Dames réapparaissent. Pour le punir de son mensonge, elles ferment la bouche de Papageno avec un cadenas. Elles montrent à Tamino un portrait de Pamina, la fille de la Reine de la Nuit, dont le jeune homme tombe immédiatement amoureux. La Reine elle-même apparaît et prie Tamino d’arracher Pamina des mains de Sarastro qui, dit-elle, l’a enlevée. Tamino accepte. Les Dames délivrent Papageno de son cadenas. Tamino reçoit une flûte enchantée, qui doit le protéger de tous les dangers ; pour sa part, Papageno, qui doit accompagner Tamino, se voit remettre un carillon. Trois jeunes garçons seront aux côtés de Tamino et Papageno pour leur servir de guides dans leur périlleux voyage. Derrière les murs du royaume de Sarastro, Monostatos essaie de violer Pamina. Effrayé par l’apparition soudaine de Papageno, il abandonne et s’enfuit. L’oiseleur informe Pamina que Tamino est tombé amoureux d’elle et que les deux hommes sont venus pour la délivrer. Pamina est au comble du bonheur ; dans un duo avec Papageno, elle se réjouit de trouver quelqu’un que l’on puisse aimer. Les trois jeunes garçons conduisent Tamino jusqu’au temple de Sarastro. Là, un prêtre l’avertit que les apparences sont souvent trompeuses. Des voix venues d’on ne sait où rassurent Tamino : Pamina est en vie. Débordant de joie, Tamino joue de sa flûte enchantée. Puis, lorsqu’il entend les appels de Papageno, il se hâte de partir à la recherche de son ami et de Pamina. Cependant, ceux-ci sont rapidement rattrapés par Monostatos et ses sbires. Papageno joue immédiatement de son carillon. Ainsi, lui-même et Pamina ne sont pas faits prisonniers, car leurs agresseurs, comme transformés, les laissent aller. Sarastro paraît. Il affirme à Pamina qu’elle est libre de choisir qui elle veut aimer – mais qu’elle n’est pas encore libre de quitter le temple. Monostatos apparaît, traînant derrière lui Tamino, prisonnier, et il réclame une récompense. Au lieu de cela, il est châtié. Quand Tamino et Pamina se déclarent mutuellement leur amour, Sarastro ordonne aux prêtres de conduire Tamino et Papageno dans le temple pour y être purifiés.

ACTE II
Les épreuves commencent. Les prêtres exigent de Tamino et Papageno qu’ils observent le silence le plus complet ; les deux hommes y parviennent avec un succès assez inégal. Tamino bat froid même les trois Dames – la première épreuve est surmontée. La Reine de la Nuit paraît et ordonne à sa fille Pamina de tuer Sarastro. Mais Pamina résiste. Avec l’aide des trois jeunes garçons, Tamino et Papageno réussissent également l’épreuve suivante. Tamino, à qui l’on a de nouveau ordonné de garder le silence, rencontre Pamina. Elle se sent repoussée. Sarastro loue la fermeté de Tamino et appelle les deux amoureux près de lui. Mais Pamina est désespérée. Seuls les trois jeunes garçons peuvent l’empêcher de se suicider. À présent, elle veut subir la dernière épreuve en compagnie de Tamino. L’amour les conduit tous les deux à travers les épreuves de l’eau et du feu. Papageno se réjouit d’être avec Papagena, dont il a pu faire la connaissance en dépit d’un comportement très médiocre au moment des épreuves. De nouveau séparé d’elle, lui aussi veut se pendre et de nouveau ce sont les trois jeunes garçons qui empêchent un suicide. Le carillon attire Papagena comme par enchantement. Monostatos, de concert avec la Reine de la Nuit et les trois Dames, fait une ultime tentative pour mettre à l’épreuve l’amour de Pamina et de Tamino. Sarastro et les Prêtres apparaissent. Ils annoncent le début d’un nouveau jour et saluent les amants, nouveaux membres du cercle des élus.
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ACT I
Tamino is threatened by an enormous snake and falls unconscious. Three ladies appear and kill the snake. They discover the handsome young man and leave to inform the Queen of the Night. Tamino wakes up and meets Papageno, the Queen of the Night’s bird-catcher. When Papageno accepts credit for having killed the snake, the three ladies reappear and lock his mouth to punish him for lying. They show Tamino a picture of the Queen’s daughter Pamina, and he immediately falls in love with her. The Queen herself appears and begs Tamino to rescue her daughter from Sarastro, who has kidnapped her. The ladies now free Papageno, and give Tamino a magic flute and Papageno a set of magic bells to protect them, telling them that three boys will guide them on their journey. Within Sarastro’s walls, Monostatos is attempting to rape Pamina, but runs away when he is frightened by Papageno. The bird-catcher tells Pamina that Tamino has fallen in love with her and that they have come to her rescue. Pamina rejoices. She and Papageno both dream of finding someone to love. The three boys guide Tamino to Sarastro’s temple. A priest appears and warns Tamino that things may not be as they seem. Unknown voices inform Tamino that Pamina is still alive. Overjoyed, Tamino plays the magic flute and, hearing Papageno calling him, leaves in search of the latter and Pamina. It is Monostatos and his followers however who soon find them. As they are about to arrest them, Papageno plays his magic bells which render the attackers harmless. Sarastro appears and tells Pamina she is free to choose whom she will love, but not yet free to leave his realm. Monostatos drags in Tamino and demands a reward, but is punished instead. As Tamino and Pamina acknowledge their love, Sarastro orders the priests to take Tamino and Papageno into the temple for purification.

ACT II
The trials commence. The priests swear Tamino and Papageno to silence, which both prove able to maintain to varying degrees. Tamino even rejects the charms of the three ladies and successfully passes his first challenge. The Queen of the Night appears, instructing her daughter Pamina to kill Sarastro. Pamina resists. The three boys help Tamino and Papageno to pass the next challenge: Tamino, who has been ordered to stay silent, meets Pamina. She feels rejected by his refusal to speak to her. Sarastro praises Tamino for his steadfastness and summons the two lovers. But Pamina is in despair. The three boys come to the rescue and talk her out of killing herself, and now she wants to undergo the remaining challenges together with Tamino. Protected by their love for each other, they pass trials by water and by fire. Papageno eagerly awaits his reunion with Papagena, whom he has been allowed to meet despite his poor performance in the trials. Separated from her once again, he too contemplates suicide, only to be stopped by the three boys. His magic bells spirit Papagena into his company. Monastatos joins forces with the Queen of the Night and the three ladies. Together they launch one final attempt to test Pamina’s and Tamino’s love. At that moment Sarastro and the priests appear on the scene to announce the beginning of a new dawn and to welcome the newcomers amongst the initiated.